Территориально-автономная единица Гагауз-Йери возглавлялась шестью различными башканами после первых выборов в 1995 году. Четыре башкана АТО Гагаузия были избраны гражданами, а двое являлись исполняющими обязанности губернатора автономии.
Первые выборы губернатора АТО Гагаузия состоялись 25 мая 1995 года. Первым избранным губернатором автономии был Георгий Табуншич.
Вторым Башканом АТО Гагаузии был Дмитрий Кройтор. Он руководил регионом с 24 сентября 1999 года по 21 июня 2002 года.
С 21 июня 2002 года по 10 июля 2002 года временно исполнял обязанности Башкана Валерий Яниогло. С 10 июля 2002 года по 29 июля 2002 года временным башканом был Георге Мола.
Позже губернатором автономии снова стал Георгий Табунщич. Он занимал эту должность с 9 ноября 2002 года по 29 декабря 2006 года.
Следующим был Михаил Формузал, занимавший должность башкана два срока подряд — с 29 декабря 2006 года по 15 апреля 2015 года.
С 15 апреля 2015 года губернатором гагаузской автономии стала Ирина Влах. Она руководила регионом два срока подряд и была переизбрана 30 июня 2019 года.
